随着网上支付环境的健全，医药企业通过互联网平台采购、支付已成为趋势，而其中医药类信息B2B平台由于以提高上下游信息为主，其发展开始进入瓶颈阶段。
2010年，我国电子商务交易额超过四万亿元，其中B2B的比例高达百分之八十七，企业间的电子商务购销市场发展迅猛。但据国家食品药品监督管理局资料显示，在已经获得《互联网药品交易服务资格证》的六十家企业中，从事"与其他企业进行药品交易"的B2B模式的企业仅有二十几家，巨大的市场需求与参与企业寥寥之间形成了鲜明对比。
我国第一代医药电子商务B2B平台始建于2000年初，基于医药在线招标采购网络为上下游的供需双方提供交易信息，由于交易双方对于网上支付安全性的质疑以及缺少相关法律的保护而造成了目前我国的B2B医药电子商务大多处于网上交易，网下支付的局面。同时由于近年来政策的转变，加上基药招标开始由政府主导，医院自主采购权被限制，以提供信息为盈利模式的B2B企业开始出现瓶颈。而第二代医药电子商务企业，则进入提供网络采购交易的阶段，力求打通信息链、供应链融资，解决物流配送等采购需求。但在我国医药流通领域，流通企业数量多、规模小、市场分散、效益低下的局面还没有根本的改观。具有全国性覆盖网络的大型物流配送中心在我国医药流通领域尚处在建设阶段。由于以上两方面因素造成了我国B2B医药电子商务中信息流、资金流、物流之间的不连贯，以及不能有效地集成。因此，降低了电子商务的应用价值，不能实现医药商品的高效流通。
纵观国外医药类电子商务的发展，以美国为例美国医药电子商务B2B模式主要由大型的医药批发商及医药企业发展而成。目前全美有五个一级批发商，其中排在医药批发企业前三位的--Ameris0urceBergen，CardinalHealth和Mckesson就占据了96%的市场份额。尽管美国医药B2B发展迅速，但占据96%市场份额的这三家分销公司也没有真正完全实现产业链上下游的打通。而在中国此种情况更为复杂，大型医药流通企业在传统渠道中主要客户对象为医院终端，所占份额较大，那些原本在传统渠道份额很大、做医院、做调拨的企业，在短时间内将难以打破现有渠道，同时上游药厂有内部信息系统，而医院也有自己的一套信息体系，客观环境造成其打通信息链的路还很漫长。电子商务给了在传统渠道没有医院终端优势的企业非常大的空间。
因此中国医药类B2B从信息阶段过渡到交易阶段仍将会有一段较为漫长的发展时期，但转型之势已成必然
